故事发生在六叶町，主要讲述了双胞胎兄妹王道游飞和王道游步经营着一个有些奇特的外星人驱除公司-UTS（外星人纠纷咨询所），他们使用游飞制作的神秘装置探索宇宙中的外星人，并在辛勤工作中度过平凡的日子。然而，直到某一天，他们在一片新鲜的麦田怪圈中发现了真正的宇宙飞船。

在宇宙飞船中，他们遇到了来自贝尔加星团的外星人游迪亚斯。游迪亚斯为了寻找让被流放到地球的同伴们迎接新未来的“超速决斗”，而来到了地球，但对这种决斗方式一无所知。

为了帮助新手游迪亚斯，游飞向他发起了超速决斗的挑战。于是，小学生和外星人进行了第一次的异星交流，通过超速决斗展开了精彩的对决。

《游戏王 GO RUSH！！》通过这个故事，呈现了充满冒险和奇幻的异星世界，以及人与外星人之间的友谊和交流。这部电影不仅带给观众刺激和惊喜，还传递了积极向上的价值观。通过超速决斗，小学生和外星人超越了种族和文化的差异，展示了相互理解和合作的重要性。《游戏王 GO RUSH！！》是一部充满温情和欢乐的动画电影，必将给观众们带来愉快的观影体验。